基因體研究團隊與大陸深圳華大基因研究院（BGI-Shenzhen）合作，利用高通量定序技術找尋漢人全轉錄體序列中之核酸編輯位點，分析整理出為至今最為詳盡之RNA編輯組（RNA editome）資料庫，其成果將發表於Nature Biotechnology，往後更將持續應用此平台於探討RNA編輯酶之功能，及相關基因表達研究課題。

　　基因體研究團隊與國際合作團隊進行並完成陰道滴虫全基因體分析，共同發表於科學(Science)期刊。與美國 Baylor College of Medicine 之 Human Genome Sequencing Center 合作阿米巴全基因體定序及基因表達序列標幟合作計劃。與美國 University of Pennsylvania Genomics Institute 合作建立 Protozoan Database。

　　蛋白質體研究團隊加入2001年諾貝爾獎生理/醫學獎得主Lee Hartwell教授主持之國際癌症生物標記聯盟(International Cancer Biomarker Consortium, ICBC)，直接與日本、荷蘭、加拿大、美國等團隊交換本中心建立之試劑。2010年4月23日邀請 Lee Hartwell 教授蒞臨 「2010 Disease Biomarker and Taiwan Proteomics Society International Conference」。 與UC Davis Center for Biophotonics, Science and Technology之主任Professor Dennis Mathews, Professor Yin Yeh and Professor Frank Chuang及工學院光電研究所合作發展高靈敏度生物標記檢測器。

　　鼻咽癌團隊與 Dr. Yin Yao Shugart (美國國家衛生院/Johns Hopkins University)，於2009年首次發表鼻咽癌全基因體研究。更進一步與美國國家癌症研究中心 Dr. Allan Hildesheim、中研院基因體中心陳建仁院士、香港中文大學鼻咽癌易感基因合作計劃。

其他尚有15項國際合作課題。